云南省寄生虫病防治所成立于2001年，其前身云南省疟疾防治研究所始建于1957年，属云南省卫生厅直管单位，1957年至2001年主要承担全省的疟疾防治指导和技术培训，是我省最早系统从事疟疾防治研究工作的防疫机构。目前， 全所内设行政办公室、党支部办公室、人事科、技术服务中心、科研教育科五个职能科室和疟疾防制、蠕虫病防制、原虫病防制、虫媒病毒防制、临床、项目办、中心实验室七个业务科室。2006年末，67名在职人员中，专业技术人员61人，高职科技人员13人，中职15人。现阶段的主要职责是组织和指导全省开展寄生虫病、虫媒病毒性疾病防治与技术培训。

自70年代起，我所围绕解决疟疾病原抗药性问题、临床治疗问题和媒介控制问题等先后实施近90项科学研究。其中，30余项研究成果获省部级、7项获地厅级科学技术进步奖，在正式期刊发表论文470篇。