2005年，在国家卫生部努力下中央财政转移支付资金资助的、以控制云南内地疟疾发病为重点的云南省疟疾防治项目在16个内地县启动，该项目是以落实疟疾监测措施为关键，在监测的基础上做到及时发现和正规治疗疟疾病例，2006年，中央财政支付云南省疟疾防治项目覆盖范围已扩大至40个县。云南省疟疾防治项目的存在为云南疟疾控制工作提供了必要的经费支持，是全省落实各项抗疟措施、遏制疟疾大范围流行的必要保证。但通过对该项目实施的督导检查，我们也发现云南省疟疾防治项目仍需要在项目管理、工作质量等方面做出改进。

    目前，全省范围内的各级组织机构建设仍不规范、职能仍未充分发挥，这就导致了部分地区的项目管理不到位、实施质量不达标，特别是对项目经费的使用和管理不能完全做到专款专用、按计划开支更是影响了项目措施的落实；另外，该项目在制定计划和经费预算方面也存在与实际脱节的情况，如经费预算中缺乏省级项目管理与督导检查支出，这势必会影响省级项目办履行组织实施、技术服务和质量控制的职能，云南省疟疾防治项目 顺利实现预期目标的风险趋于增大；再者，云南省疟疾防治项目在药品供给与采购方面也遇到巨大困难，廉价抗疟药不易采购、一次采购量过大均导致了药品供给上的不及时或积压。致于项目地区如何进一步改善工作条件、进一步提高各级人员的知识技能以及如何规范统一工作标准与方法是各地必须长期做出努力的方面。